大多數人在感染腸病毒後，約7至10天即能痊癒，但是有極少數的人感染腸病毒後，會出現嚴重併發症，如腦炎、腦膜炎、急性肢體麻痺症候群…等。另外，根據研究資料顯示，若家中有第二個幼兒感染腸病毒時，要特別小心注意其病情的發展，因為第二個病患所接受的腸病毒之病毒量往往較高，其嚴重程度可能提高。 　　
​目前國內對於腸病毒感染併發重症已有很好的治療方式，因此，若家中幼兒感染腸病毒時，自症狀開始後7天內要特別注意觀察病童是否出現腸病毒重症前兆病徵（如下表所列者），並迅速送往大型醫院就醫，以掌握治療黃金時間，避免小孩病情惡化。
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腸病毒感染併發重症前兆病徵
1.嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力： 除了一直想睡外，病童顯得意識模糊、眼神呆滯或疲倦無力，原來活潑的小孩會變得安静不想動，但發燒本身就會影響小孩活力，所以上述症狀的判斷應以體溫正常時的精神活力為準。
2.肌躍型抽搐（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）： 通常是在睡眠中時出現被驚嚇或突然間全身肌肉收縮，隨著病情變化嚴重時，在清醒時也會出現。另外，病童可能因肌躍型抽搐症狀而變得無法入眠。
3.持續嘔吐： 嘔吐可為腦壓上升的症狀表現之一，嘔吐次數愈多愈欲要注意，尤其是伴隨嗜睡、活力下降，或只有嘔吐而無腹痛、腹瀉等腸胃炎症狀時，需要特別注意。
​4.呼吸急促或心跳加快： 小孩安靜且體溫正常時，心跳每分鐘120次以上。